Le Salève est un massif calcaire sec en surface. Les rares zones humides que l’on y rencontre sont donc de véritables oasis pour la faune, qu’il faut donc protéger. Une quinzaine de mares d’alpages, issues de l’extraction du fer, ont un usage agricole aujourd’hui. Elles sont des sites de reproduction des libellules, de tritons alpestres, de grenouilles rousses et du rare Crapaud Sonneur à ventre jaune.
On trouve une seule tourbière au sommet du Salève. Composée de sphaignes, elle abrite le lycopode des marais et une linaigrette, des plantes typiques des régions boréales.
Au pied du Salève, près des sources, des mares forestières abritent également batraciens et libellules.
Sur le plateau des Bornes, les tourbières issues des glaciations sont protégées par un arrêté préfectoral de biotope, de même que les étangs d’Etrembières créés par l’extraction du graviers lors de la construction de l’A40. Enfin le lac artificiel des Dronières à Cruseilles est un haut lieu de reproduction des crapauds communs qui convergent par milliers chaque printemps vers le lac pour s’y reproduire. Les bénévoles de la LPO 74 les aident à ne pas se faire écraser par les voitures.
